اتفاقات فیلم در سال ۱۹۶۹ جریان دارد، و داستان ایندیانا جونز و دختر خوانده‌اش هلنا را دنبال می‌کند که سعی می‌کنند یک شئ قدرتمند باستانی را قبل از یورگن وولر، دانشمند نازی که قصد دارد از آن برای تغییر نتیجه جنگ جهانی دوم استفاده کند، پیدا کنند.