سی و نه داستان سه دوست را روایت می کند که در کلاس یازدهم دبیرستان با هم آشنا شدند. آنها چا می جو (Son Ye Jin)، جونگ چان یانگ (Jeon Mi Do) و Kim Ji Hyun (Jang Joo Hee) هستند. از لحاظ ظاهری به نظر نمی رسد که آنها اکنون 39 ساله هستند و در زندگی با یکسری مشکلات روبرو هستند.

چا سه اوم قبلا یک ویولونیست بود، اما اکنون رهبر یک ارکستر است. او حرفه خود را جسورانه و با اشتیاق دنبال کرده است.درحال حاضر درموقعیتی قرار دارد که دیگران به موفقیت های او حسادت می کنند. چیزی که دیگران نمی دانند این است که چا سه اوم راز بزرگی را مخفی کرده است که در صورت فاش شدن، زندگی اون را متزلزل خواهد کرد, در این میان، موارد مرموز در ارکستر او رخ می دهد. که چا سه اوم را وادار به بررسی و تحقیق می کند...