لاک‌پشت‌ها و خردکن‌ها یک بار دیگر به نبرد می‌پردازند، این بار برای آخرین قوطی تراوش که لاک‌پشت‌ها را ایجاد کرد، که با آن شردر می‌خواهد ارتشی از جهش‌یافته‌های جدید را آزاد کند.

چهار لاک پشت نینجا جهش یافته نوجوان از سایه ها بیرون می آیند تا از شهر نیویورک در برابر یک باند نینجاهای جنایتکار محافظت کنند.

داستان مبارزی که از مرگ بازگشته و در صدد نابودکردن جهان است و گروهی برای مبارزه علیه او بر میخیزند.