لاک‌پشت‌ها و خردکن‌ها یک بار دیگر به نبرد می‌پردازند، این بار برای آخرین قوطی تراوش که لاک‌پشت‌ها را ایجاد کرد، که با آن شردر می‌خواهد ارتشی از جهش‌یافته‌های جدید را آزاد کند.

داستان در دو مسیر جداگانه دنبال میشود که محور اصلی ان بر پایه انتقام و خشونت است. اعضای نخبه نیروهای ویژه امریکا به جنگلهای بولیوی برای ماموریتی خاص فرستاده شدند. تیم ها در گروه های جدا به دنبال اتمام ماموریت جنگلهای بولیوی را زیر پا میگذارند اما دست هایی در کار است تا آنها را به نابودی بکشاند. دست هایی از جنس خیانت…