داستان انیمه به صدها سال قبل باز می‌گردد. جایی که انسان‌ها بدست تایتان‌ها کشته می‌شدند اما عده اندکی از آن‌ها موفق شدند در شهری با دیوارهای بسیار بلند (حتی بلندتر از بزرگترین تایتان‌ها) پناه بگیرند و جان سالم بدر ببرند. صد سال به همین منوال می‌گذرد تا اینکه...

"اوکابه رینتارو" به همراه همکاران خود در آزمایشگاه بر روی یک دستگاه مایکرو ویو که می تواند پیامها را به زمان گذشته ارسال کند کار می کنند. آنها بدون اینکه دستگیر شوند تلاش می کنند با استفاده از دستگاه سازمان شیطانی "سرن" و نقشه های آنها را متوقف سازند...

اوکابه، دانشمند دیوانه، تلاش می کند تا از شکست گذشته خود بازگردد و هوش مصنوعی جدیدی را آزمایش می کند