داستان انیمه به صدها سال قبل باز می‌گردد. جایی که انسان‌ها بدست تایتان‌ها کشته می‌شدند اما عده اندکی از آن‌ها موفق شدند در شهری با دیوارهای بسیار بلند (حتی بلندتر از بزرگترین تایتان‌ها) پناه بگیرند و جان سالم بدر ببرند. صد سال به همین منوال می‌گذرد تا اینکه...

در دنیای تقسیم شده آینده، دو دختر می خواهند دست به کارهای منع شده ای بزنند: انسان می خواهد ویولن بزند و خون آشام می خواهد دنیای وسیع تری را ببیند.

از زمانی که موجودات فضائی فرود آمده اند زندگی در ژاپن سخت شده است! ممنوعیت های عمومی استفاده از شمشیر برقرار شده است و همین مورد باعث شده که بسیاری از سامورائی ها شغل خود را تغییر دهند. اکثر سامورائی ها به جز گینتوکی، او تلاش نمی کند تا یک شغل تمام وقت داشته باشد بلکه تلاش میکند تا برای خودش کار کند، هر کاری را که به اون پیشنهاد میدهند می پذیرد تا کسب درآمد کند..

"اوکابه رینتارو" به همراه همکاران خود در آزمایشگاه بر روی یک دستگاه مایکرو ویو که می تواند پیامها را به زمان گذشته ارسال کند کار می کنند. آنها بدون اینکه دستگیر شوند تلاش می کنند با استفاده از دستگاه سازمان شیطانی "سرن" و نقشه های آنها را متوقف سازند...